בעקבות הניצחון של החמאס בבחירות לפרלמנט בינואר 2006, והשבעת הממשלה בראשותו של איסמעיל הנייה, התחיל ארגון החמאס בארגון הכוחות. ב-25/06 שנת 2006 חמאס תקף עמדת צה"ל, כתוצאה ממנה נחטף גלעד שליט לשבי בן 5 שנים ו-4 חודשים. בעקבות החטיפה, ומו"מ שנכשל, התחיל סבב לחימה מול החמאס בעזה.
כ-17 ימים אחרי זה, ב-12 ביולי, החיזבאללה ארגנו תקיפה משולבת שכללה טילים וחדירת מחבלים. בתקיפה הזאת נחטפו אהוד גולדווסר ואלדד רגב (אחר כך גם גילו שהם כנראה נהרגו כבר בהתקפה). ההתקפה של החיזבאללה הגיעה כתוצאה מתחושה שישראל חלשה ועסוקה בעזה ומתוך סולידריות עם החמאס. ההתקפה הזאת החלה את מלחמת לבנון השנייה, שנמשכה 34 ימים.
מדצמבר 2006 החלה אלימות מתגברת בין שני המחנות הפלסטיניים. הסיבה לאלימות הייתה סביב השליטה והלגיטימציה. האלימות החלה מתגברת כל הזמן, כולל ניסיון התנקשות באסמאעיל הנייה כנראה על ידי הרשות. בתיווך סעודי, נחתם הסכם בפברואר 2007 שהופר תוך פחות מחודש. ביוני 2007 החלו כוחות החמאס לתקוף את יחידות המשטרה והביטחון של הרשות הפלסטינית בעזה. כוחות הביטחון של הרשות היו מאוישים על ידי אנשי פת"ח בעיקר ונאמנים למחמוד עבאס.
העימות הזה התלקח במיוחד אחרי שכוחות החמאס הוציאו להורג קצין של יחידת הביטחון הנשיאותי (יחידה מובחרת ברשות) על ידי זריקה מבניין בן 15 קומות. אחרי 5 ימי לחימה בין שני הארגונים, החמאס השתלט על הרצועה, לקח את כל הנשק והציוד שהיה בידי כוחות הביטחון של הרשות כולל 6 רכבים ממוגנים. המצב שנוצר בַּפּועל הוא שחמאס הוא הריבון היחידי והמלא בעזה. הרשות הפלשתינית נשארה בעיקר בגדה. סבב האלימות של 2006-2007 נגמר עם כ-600 הרוגים ומעל 1000 פצועים משני הצדדים. עושה רושם שברשות נהרגו בערך פי 2 מאשר בחמאס.
הלחימה הולכת וחוזרת בין החמאס ופת"ח כנציגי הרשות, המשיכה לאורך כל הזמן, כל כמה זמן נחתמו הסכמים שהופרו במהרה. העצימות של המלחמה עלתה וירדה עד 2010 ומאז די שכחה ונשארה ברמה שלא אירועים בודדים. מול ישראל לעומת זאת הייתה לחימה פעילה עד 2014 בסבבים משתנים שהשיאים שלהם היו: עופרת יצוקה (2009), עמוד ענן (2012), צוק איתן (2014). בין ב-2014 ל-2019 היה יחסית שקט בגזרה של ישראל חמאס.
ב-2017 מתפרסמת אמנת חמאס חדשה. האמנה מנוסחת בצורה הרבה יותר מסודרת כמסמך משפטי שמגדיר כל דבר ודבר שקשור לתנועה. מה מטרות החמאס, ההגדרה שלהם לשטח המכונה פלסטין ועוד. ההגדרות הבסיסיות לא משתנות משמעותית אבל מוגדר שם שלישראל אין שום זיקה ושום חזקה על אל אקסה, למרות היותה עיר תרבות עם זיקה לכל העמים, וגם הנצרות כלולה בזה, לא היהדות.
בסעיף אחר הוא מדבר על הציונות וכנראה בהשפעה איראנית עסוק בלהסביר שאין לחמאס בעיה עם יהודים, אלא רק עם הציונים, והציונות היא היחידה שעושה חיבור בין הציונות ליהדות. הוא שולל מכל וכל את קיומה של מדינת ישראל, ושל כל ישות ציונית לדבריו. הוא מנמק למה לדעתו הסכמי אוסלו אינם חוקיים, ולא שום הסכם שמוותר על כל חלק מהאדמה הפלסטינית (נהר הירדן במזרח, הים במערב, ראש ראש הנקרא בצפון ואום רשרש בדרום (ציטוט מדויק מתורגם).
בשלב המטרות, החמאס מנתק את עצמו ומתחיל לדבר בניסוח כוללני אוניברסלי פאן איסלאמי ופאן ערבי ונותן הצדקה מוסרית הומנית והן הצדקה דתית למעשים הללו. את המערכת הפוליטית האולטימטיבית החמאס כדמוקרטיה ליברלית מערבית בחזון שלו. אפילו יש סעיף שמדבר על תפקיד האישה הפלסטינית, אבל הוא מאוד עמום וכוללני. ברמה הבינלאומית החמאס מצפה מכל עולם האיסלאם להתאחד למטרה אחת והיא שחרור פלסטין, וכך גם כל מדינה לא מוסלמית או ערבית שרוצה לעזור. מצד שני, על עצמו הוא אומר שהוא לא מתערב בסכסוכים פוליטיים של מדינות אחרות. הפרק המסיים את האמנה הוא הדגש שהמטרה היא הומניטרית.
הנוסח של האמנה החדשה, יותר מסודר, יותר ארוך ומציג לעולם מצג יותר חנפני שמשחק לפי כל הכללים המקובלים, כל עוד זה נוגע להשמדת הפרוייקט הציוני (לפי הגדרתם). הנוסח הזה מזכיר מאוד את צורת הניסוח של איראן, וייתכן שנכתב אפילו בהשפעתה.
